砀山县境地势平坦，系黄河冲积而成，境内中部略高，南北稍低。黄河故道以北平均海拔47.8米，以南平均海拔44米，县西北最高处海拔54.8米，县东南最低处海拔40.4米。由于黄河屡次泛滥及改道，中小地势起伏，岗、坡、洼相间，这种微域地形的地貌变化，使水、盐重新分配，形成砀山县的废黄河高滩地，决口扇形地，缓平坡地，浅平洼地，背河洼地五种地貌类型。砀山县地处山东台背斜徐蚌拗折带，沉积了巨厚的第四系地层，其厚度至东向西逐渐增大。县境南部的程庄、王湾、陈庄、关帝庙一带，第四系厚度为318.15米～456.77米。下伏基岩为古生代二迭系砂页岩。砀城南4里王庄钻孔打至500米尚未穿过第四系地层。
