区别：方法不同，作用不同。
一、方法不同
1、财务审计：指审计机关按照《中华人民共和国审计法 》及其实施条例和国家企业财务审计准则规定的程序和方法对国有企业(包括国有控股企业 )资产、负债、损益的真实、合法、效益进行审计监督。
2、工程审计：指审计机构依据国家的法令和财务制度 、企业的经营方针、管理标准和规章制度 ，对工程项目的工作，用科学的方法和程序进行审核检查，判断其是否合法、合理和有效。
二、作用不同
1、财务审计：揭露和反映企业资产、负债和盈亏的真实情况，查处企业财务收支中各种违法违规问题，维护国家所有者权益 ，促进廉政建设，防止国有资产流失，为政府加强宏观调控服务。
2、工程审计：发现错误、纠正弊端、防止舞弊、改善管理，保证工程项目目标顺利实现的活动。
资产负债表审计人员应注重检查资产负债表编制方法的正确性、报表项目的完整性以及报表所反映项目和内容的一贯性。(1)检查资产负债表是否按照会计制度规定的科目及格式编制，复算报表各项之间的勾稽关系 。
(2)将本期资产负债表各项目数字与前一期或各期相比，查明有无变动较大或异常情况；同时，检查资产负债表与其他报表的勾稽关系，并进行复算核对。
(3)全面核对资产负债表项目与总帐科目或有关明细帐数字是否相符，以总帐的本期发生额及余额与其所属明细帐各分类科目的本期发生额及余额之和相核对，检查帐与帐之间的记录是否相符。
一，范围不同，财务审计是比较全面的审计，而工程审计则是单一的审计，二，方法不同，财务审计依据会计法，会计准则进行，而工程审计则是按工程决算的要求进行。
