关于子婴和秦始皇的关系有三种说法：
1、子婴是秦始皇的孙子，扶苏之子。此说最为流行。从东汉班固到近现代，多采用这一说法。就连近几年修订出版的《辞海》和《辞源》这两部著名的大辞典，也都一致认为子婴是二世兄子，并指出是扶苏之子。
2、子婴是秦始皇的弟弟。《史记·卷八十七·李斯列传第二十七》：“高自知天弗与，群臣弗许，乃召始皇弟，授之玺。子婴即位，患之，乃称疾不听事，与宦者韩谈及其子谋杀高。”（赵高自知上天不给，大臣们不同意，于是召始皇帝的弟弟，把玉玺交给。子婴即位，担心的，于是称病不办公，与宦官韩谈和他的儿子谋杀高。）
3、子婴是秦始皇之侄子。有关《李斯列传》集解引徐广说“一本曰‘召始皇弟子婴，授之玺’”中的“弟子婴”，应理解为“弟弟的儿子婴”。但秦始皇的弟兄见于文献记载的只有成蟜、母赵姬与嫪毐所生二子。所以被认为是成蟜的儿子。
