还珠格格第三部的结局是小燕子和永琪，晴儿离开皇宫，去缅甸救尔康。在救回尔康后帮助他在大理解除毒瘾，萧剑和晴儿完婚之后尔康和紫薇回了北京。小燕子和永琪留在了大理，乾隆皇帝对外宣布永琪感染恶疾病逝了。在片子最后乾隆微服私访去大理看望永琪等人。
还珠格格第三部的结局是小燕子和永琪，晴儿和肖剑一起离开了宫廷，隐姓埋名生活在民间。紫薇嫁给了尔康，仍然生活在学士府，她时常入宫，同知画成了知心好友。
很多年后，年迈的乾隆在尔康的陪伴下，再下江南，特地去看了永琪小燕子晴儿他们，看见他们在民间生活得很幸福，每人家里都有了几个孩子，乾隆也放下心来，剧中的每个主角都收获了幸福的结局。
