一、管理归属不同
1、教育部直属院校：通常归属于中华人民共和国教育部直属管理。
2、普通院校：由国家部委、省级人民政府（含新疆生产建设兵团）、省（市、区）教育行政部门主管或联合主管。
二、目的不同
1、教育部直属院校：目的是在探索改革上先走一步，在提高教学、科研和社会服务等方面发挥示范作用。
2、普通院校：目的是为了实行科教兴国战略。
三、特点不同
1、教育部直属院校：经过全国高校管理体制的调整，一批实力较强、学科特色鲜明的高校均划归教育部直属管理，建国以来国家历次所确定的全国重点大学多为教育部直属高校。
2、普通院校：普通高等教育单位按照主管部门性质的不同，可分为党政群系统（含国家部委署办、省级人民政府及省市自治区教育行政部门）主管的高校、军事系统院校和具备研究生招生教育资格的科研院所等3大类。
