1、土壤湿度过高
在菠菜的幼苗期出现下大雨的情况，会造成土壤过于湿润，湿度太大，土壤的通透性降低，导致菠菜根部不能正常的呼吸，导致菠菜的根部出现腐烂，也就是大家常说的“沤根”，继而造成死苗。
应对措施：菠菜沤根之后的主要表现为倒伏，根部腐烂。发展的速度极快，很难对这种现象进行控制，因此日常浇水，不能过多，此外大雨天要做好排水工作。
2、病害导致
菠菜的苗期容易受到病害影响，如立枯病，还有心腐病，枯萎病等，都会造成菠菜死苗。
应对措施：做好菠菜种子的浸种催芽工作，提升种子抗逆性，使苗齐苗壮，减少死苗。菠菜播种前，可以先晒种，将菠菜种子放在阳光下晒3-5小时。然后浸种，将晒过后的菠菜种子先在清水中浸泡2-3小时以充分吸入水分，再放入25%的过氧化氢溶液、或1%的高锰酸钾溶液、或多菌灵高倍液中浸泡15分钟左右捞出，用清水清洗干净后继续用清水再浸泡4-5小时。最后催芽播种。
