1.「姑且算是真主角」ー戴斯蒙迈尔斯
我们都知道AC的主轴是刺客对圣殿，自由VS秩序的对立，但我相信对系列毫无头绪的路人玩家，除了这个之外，绝对对其他的部分到底在演什么感到非常困惑，的确这游戏的剧情架构真的也算是骨骼精奇。《刺客信条》这系列严格来说剧情姑且是有承接性的，并不完全是各自独立的故事。
故事分成古代线跟现代线，现代线有个真主角戴斯蒙迈尔斯，到4代为止故事都可以说是绕着他在转的，戴斯蒙他出生于一个刺客的家族，从小他老爸就很严格地想要把他训练成一名刺客，但后来他就厌倦因此离家出走，辗转变成了一个酒保，后来被一家神秘的大公司ーAbstergo，也就是现代的圣殿骑士绑架并塞进一个叫做ANIMUS的机器，那里的研究员表示要用ANIMUS来探索潜藏在他基因里他祖先的记忆来寻找一个名叫「伊甸碎片」的神器，而他们锁定的第一段基因序列，就是《刺客信条1》的主角ー阿泰尔。
2.「十字军东征时期正港阿萨辛」阿泰尔．伊本．拉阿哈德
作为系列的起头人，阿泰尔可以说是最具有传奇色彩的刺客，最初的阿泰尔在年仅24岁时就取得了大师的头衔，但或许也是因为这样，使得他因此骄矜自大。他唯一的弱点就是他可溶于水。某一次出任务时，他因为大头症发作一次就触犯了三个教条：
1.在人群中保持匿踪
2.不可滥杀无辜
3.不能连累刺客兄弟会
为了赎罪，阿泰尔被指定要前往耶路撒冷，大马士革等地刺杀大陆上9名腐败的圣殿骑士，而在这趟出任务的过程中，他的心态也开始慢慢转变...有一次，阿泰尔杀死了一个办了一场鸿门宴，用酒会上的酒一次毒杀所有宾客的圣殿骑士，后来却发现这些被毒死的人通通都是透过十字军东征获利的卑鄙商人。经过这次任务，阿泰尔渐渐放下了自己过度膨胀的自尊，变得成熟睿智，同时却也开始怀疑自己是否真的在做对的事情，以及这背后是否还藏着更大的阴谋...
阿泰尔来自中世纪时期真实存在过的阿萨辛教团，当时的刺客兄弟会还是一个在台面上非常庞大的组织，直到一代结局后，阿泰尔当上了新任的导师，并改革了刺客组织里许多不是很好的传统。最著名的一点就在于他改良了袖剑的使用方式，让刺客们可以不用再剁掉手指。更是在蒙古西征时一个人挡下了蒙古大军的进攻，并将兄弟会转入地下，分散到世界各地，历史上，阿萨辛教派的纪录就到此为止，不过刺客们早已无所不在.. .
3.「只有老子有三部曲！系列超级人气王」埃齐奥．奥狄托雷
如果要问《刺客信条》最具代表性的主角，那毫无疑问就是二代主角埃齐奥「E叔」了，只有他一个人有三部作品，从出生到老年，完整讲述了他的人生旅途。而且2代的调性也跟前作有很大的不同，从冷硬的中东圣城来到风光明媚的意大利，从禁欲的宗教社会变成充满活力的艺术国度。埃齐奥的刺客装备也不再像阿泰尔那般简约，变得华丽花俏，特别是他的正字标记ー骚气的小披风。
埃齐奥出身于文艺复兴时期的佛罗伦斯，17岁的埃齐奥是个无忧无虑、白天打架、晚上打炮的风流青年，直到某一天他的老爸，哥哥跟弟弟被圣殿骑士以莫须有的罪名吊死后，埃齐奥从此踏上了他的复仇之路，并逐渐蜕变成为一个成熟的刺客大师。《兄弟会》里埃齐奥带领刺客兄弟会夺回罗马，《启示录》中他则踏上了寻找伟大阿泰尔智慧的朝圣之旅。但他却从没意识到，这趟原本只是为家人报仇雪恨的旅程，竟然会近乎消耗完他的一生
E叔的故事为何能如此的深植人心，当然篇幅长是一部分，但更重要的是他的人生故事，讲的其实也只是一个能够套用在所有人身上的概念。年少轻狂时，埃齐奥有青春，自由，亲情与爱情却都来不及去感受。中间他花了大半辈子在为组织战斗，直到最后踏上了只属于自己的朝圣之旅，最后领悟了刺客教条的真谛。二代的剧情不再有一代的价值观冲突，更多集中描写埃齐奥他个人的心境成长，从原本一个被怒火驱动而杀人的复仇者，慢慢学会尊重所有生命，就如他最经典的一句名言：「愿你安息」。
他的人生有过青春，有过辉煌，有过体悟，最终归于平静。埃齐奥最后回到了当初他旅途的起点，看着当初吊死他家人的广场，他的眼里已经不再是当年的满腔怒火，而是对他精彩人生的满足。
4.「北美之不可名状印地安无敌狂战士」康纳(本名拉顿哈给顿)
3代主角康纳是个生活在美国独立战争时期的印地安人，一套类似军服的刺客袍却在各处点缀着原住民的要素，一把战斧耍的飞起，袖剑更是能转出来变成反握式的匕首。然后康纳这个名字有狼的意思，这是第一次刺客主角不是以老鹰命名，不过这也很符合康纳这样一个壮的跟熊一样的狩猎者的形象，而他的本名拉顿哈给顿则代表「充满伤痕的人生」...
故事开头，康纳为了避免部落受到英军的迫害，而踏上保家卫土的征途。《刺客信条3》的故事脱离了2代三部曲的英雄冒险，转而往更加沉重的价值观辩证发展，因此，他们首次带入了第一个圣殿骑士的主角ー「海尔森．肯威」也就是康纳的爸爸。
3代的主题，刺客vs圣殿，康纳对上海尔森的二元对立，是自由对上秩序的对立。
究竟我们该创造一个绝对秩序的完美世界？还是该顺从每一个人心中的自由意志？美独战争对呈现这主题来说就是一个绝佳的舞台。
要简略的讲康纳的性格有点困难，很多人会说他太天真，我这里没有打算特别去反驳什么，可是康纳他原本就真的是一个每天在森林里玩耍印第安小孩，他懂，什么叫真正、纯粹的自由。
因此，康纳始终相信一切都得到自由的美好世界真的存在，然而人生永远不是童话故事，永远不会有所谓快乐结局。不过可贵的是，康纳没有因为失败就此放弃希望，他了解通往自由与平等的路很漫长，但即使只剩他一个人他仍愿意走下去。这正是康纳最令人敬佩的地方。
英军撤退后，康纳看着港边被标售的黑奴，他知道他的奋斗还没结束...
