5号线地铁火车南站站位于杭州南站东广场，选择地铁前往杭州南站的朋友可乘坐5号线至火车南站站点。出地铁后，旅客根据指示牌步行40~50余米，便可乘坐扶梯直达杭州南站东进站口，进行车票购买和进站候车。
出站的乘客可根据指示牌直接步行至东广场乘坐地铁离开杭州南站。
为配合杭州南站24小时运行，给出行旅客提供便利，5号线火车南站开关站时间为05:56~次日00:17，能覆盖绝大部分铁路列车。
其中，杭州南站往各方向的首班车发车时间：
开往金星方向，06:06；
开往姑娘桥方向，06:31；
杭州南站往各方向的末班车发车时间：
开往金星方向，22:35；
开往姑娘桥方向，00:07。
