EVA剧情非常复杂而且具有多重解读，但从笔者的角度看，其主题大致可以归纳为两点。
首先，EVA探讨了人类内心的孤独与恐惧，主角们都经历了巨大的痛苦和挣扎，但最终获得了真正的勇气和坚定。
其次，EVA试图探讨人类作为个体在复杂的社会和历史中的角色和存在意义，透过对人类自我认知与文化记载的探究，反思着科技、规训、身份认同等这种现代人类社会构建下的存在状态和局限。
因此，在EVA剧情中，存在着大量的心理描写和哲学思辨，需要认真品味和探究。
其它还有很多具体情节可以探讨，比如主角与使徒的搏斗、人类决策者的背景及动机等，这些都在不同程度上呼应着EVA的主题和核心思想。
所谓seele的人类补完计划，目的是为人类偷食智慧之果的行为赎罪 并消除全人类之间的AT立场(心之壁，也就是隔阂)，到达每个人都互相理解，而如果要这么做就必须使全人类抛弃肉体（请参考真心为你结尾，全人类的肉体都还化成了LCL），使所有灵魂融合于LCL之海中，从唯物主义上讲其实全人类就等同于死亡了（失去肉体），只不过追求到了更高的精神境界罢了，为了追求更高的精神境界转而舍弃肉体这就是唯心主义。
身为Seele辖下组织的成员，碇唯对委员会的真实目的了如指掌，她可以说是eva剧中唯物主义的代表，她的想法是：无论追求到多么高的精神境界，人类一旦失去肉体，那么精神高度再发达的灵魂也将失去意义。她强调的是人类在宇宙空间中的“存在感”，打个比方，如果人死后真的会灵魂出窍，那么正常情况下我们会认为“这个人死了”，“他不存在了”甚至逐渐会“把他遗忘了”，因为我们都无法感觉到他灵魂的存在；相反如果把一个大活人摆在你面前，那么我们在主观意识上会默认他的存在，因为他有肉体。碇唯就是不想让人类被宇宙遗忘，她要证明宇宙中有人类，人类没有消失人类依然存在人类依然活着！这可以说是一种生命存活的意义所在。正如碇唯自己所说的：“在太阳、月亮甚至宇宙都消失时，人类能存活在这个世界上。哪怕只有一个人。”碇唯不反对灵魂融为一体，她反对的是为此抛弃肉体。
于是在碇唯的主导下碇源渡、冬月他们开始了自己的计划：以eva初号机为主体引发第三次冲击，所有人类灵魂融入初号机的核心，从此人类不但有着至高的精神境界，还有着神的肉体，这可以说是完美的灵魂和肉体兼得了。换句话说既然第三次冲击无法避免碇唯其实是在为人类找个肉体以证明“人类依然存在”并且使人类进化为神。
而引发第三次冲击是由神的力量才可以做到，所以必须要让初号机成为神，于是碇唯将自己的灵魂（人类的智慧，智慧之果）融入了初号机的核心，那么现在初号机唯一缺失的就是生命之果即S2机关了，于是就有了19话初号机吞噬力天使获取S2机关的一幕。此后初号机成为了神，但为了作战需要碇唯灵魂重新被封锁，当补完计划到来时碇唯的灵魂将再次解放，即初号机再一次觉醒，那时初号机将真正展现神原本的形态，释放神的力量。
而碇源渡一定要利用这次机会（第三次冲击）见到碇唯——他在这世界上唯一的精神支柱。19话碇唯（初号机）已成为神，自己必须也成为神才有资格见到碇唯。他的如意算盘是：亚当拥有生命之果，莉莉丝拥有智慧之果，两者将会结合为神，而借前两者使自己成为神只需将亚当植入自己体内就有成为神的资格，所以亚当的肉体（胚胎）在碇源渡的右手中，而亚当灵魂则在熏体内，熏死后亚当灵魂回归了原本的亚当肉体（右手胚胎），这样一来碇源渡得到了完整的亚当。而莉莉丝的灵魂已瞒着seele存放在了丽体内，而莉莉丝的肉体也在最终教条区，原版朗枪的丢失也使seele放弃了莉莉丝转而拱手交给碇源渡，碇源渡就可以安安心心的得到完整的莉莉丝。于是《真心为你》中碇源渡带着丽来到最终教条区。
再来说说seele，老人们最初定下的计划是由与原版朗基努斯之枪和莉莉丝结合引发冲击，但碇源渡从中破坏他利用消灭第16徒徒的借口掷出朗基努斯之枪使其陷入“无法回收的状态”，这样以来，没了脚 鞋也没用了，对于seele来说，原版朗枪都没了，莉莉丝也毫无用处了。但是可以复制朗基努斯之枪，也就提取原版朗枪的DNA再复制新的朗枪。但按照eva的设定，原版朗枪只能对应原版莉莉丝，而复制版朗枪只能对应复制版莉莉丝，而这个复制版莉莉丝，就是seele口中的“作为莉莉丝唯一分身的初号机”，这么一来，seele就必须要使用初号机，正中碇源渡下怀。
seele为此还必须制造13台量产机，这13台量产机的作用是
1.展开反AT立场以消除全人类的AT立场。
2.用反AT立场引出黑之月。
3.对初号机（神之子）行刑以赎罪。
4.作为补完计划的祭品。
在这seele两个大型计划的中间，以携带亚当灵魂的渚熏去和碇源渡手中的亚当肉体融合的计划是冒着巨大的风险的，一旦成功，渚熏会按照引导者seele的想法去引发补完，可先于碇源渡一方引发补完；如果失败，则可以给碇源渡和冬月一个警告。最终因为渚熏的错误判断而失败。
依照三方的最终目的，可以说因为真嗣最后的醒悟 seele的计划最终泡汤；而补完即将开始时，每个人将在化成LCL之前见到自己最挂念的人，碇源渡也如所愿见到了碇唯；碇唯的目的很简单就是要让人类活下去，而真嗣和明日香成为新时代的亚当与夏娃正合她意，人类将由他们俩继续繁衍下去，可以说最终的赢家是碇唯。
