昭苏县位于新疆维吾尔自治区西北部，伊犁哈萨克自治州西南部，伊犁河上游特克斯河流域，特克斯-昭苏盆地西段。
东界特克斯县，北连察布查尔锡伯自治县，西部与哈萨克斯坦相连，西南邻近吉尔吉斯斯坦。
昭苏县为中亚内陆腹地一个群山环抱的高位山间盆地，由于四周高山环抱，形成了一个较为独特的自然生态环境，海拔在1323米－6995米之间。南部为天山主脉，山势雄伟，高峻绵亘，是阻挡南疆沙漠干热风的天然屏障；北部为乌孙山，呈东西走向，山体较矮；西部受沙尔套山以及哈萨克斯坦境内查旦尔山的阻隔，形成一个南、西、北三面高，东部略低的盆地。
