南明末年，风清扬无意中救下永历皇帝朱由榔，因而得罪了嵩山派及降清叛将洪承畴，后又被同门师兄宁清羽打下山崖，造成经脉尽断，武功全失，最终在思过崖发现杨过所建剑冢，偶得独孤九剑，练成了绝世剑法。
南明末年，桂王朱由榔，肇庆即位称帝，改国号永历，皇太极下令降清叛将洪承畴捉拿永历皇帝。
江湖上也有嵩山派希望将其捉住，以此来结交皇太极，朱由榔虽有中兴之志，也不得不亡命天涯。
三公主朱思楚女扮男装，并化名洪三公子，寻找哥哥，希望得以团圆。
华山派风清扬奉掌门华山神叟之命下山办差，无意之中救了朱由榔，因此惹怒嵩山派掌门冷啸宇，本人也因此被抓俘虏到嵩山派。
绝色美女慕容雪本是江南慕容世家的后代，阴差阳错拜了冷啸宇为师，见风清扬风姿隽爽，萧疏轩举，湛然若神，心生爱慕。
但风清扬数次偷袭于她，想离开嵩山，以至于被冷啸宇关入地牢。
幸好被一关在此处的日月神教神秘怪人，教授其以天上星座来破解嵩山派的五行八卦，更传授其吸星大法，帮助风清扬逃离了嵩山派。
风清扬在赶回华山途中，打败了洪承畴的手下，救下了女扮男装的朱思楚。
为给朱思楚疗伤，风清扬发现她竟然是女儿之身，于是给其改名风清羽，两人以兄妹相称，行走江湖，两人之间渐生情愫。
快到华山之际，两人一时大意落入洪承畴手下陷阱，风清扬虽拼尽全力得以脱身，但风清羽被擒，并将其关在洪承畴的府邸。
风清扬夜入府邸准备营救风清羽，看到洪承畴手下贪图慕容雪美色，准备用强，出手相救，却被冷啸宇打伤。
连续失意的风清扬回到华山，神情落寞。掌门华山神叟委托日月神教的宫天羽、秦太乙两人随风清扬一起前去救人。
慕容雪以为风清羽是风清扬之妹，于是将其扮成自己的手下，将其带出了府邸。
谁想被冷啸宇发觉，幸好遇到风清扬、宫天羽、秦太乙才将风清羽救出。
慕容雪因帮助风清羽而被师父冷啸宇驱逐出师门，无有落脚之地，上华山来寻风清扬。
华山相聚后，众人在腾越与朱由榔会合。不想冷啸宇与洪承畴手下也寻得此地，双方展开混战。
冷啸宇最终被风清扬所杀，慕容雪也因阻挡冷啸宇射向风清扬的暗器而香消玉殒。
朱由榔见众人以身搏命，决定不远走缅甸，留在腾越继续奋战，并将三公主朱思楚许配于他。
就在此时，接到华山来信，掌门华山神叟去世，于是风清扬独自匆匆赶回华山。
早先年，华山弟子因岳肃、蔡子峰两人偷看葵花宝典悟出的武学至理各不相同，产生隔阂，各自修炼，私底下已分为剑宗和气宗两派。
华山神叟在世，两派各自忌惮，还能勉强相处，如今华山神叟去世，为夺掌门，剑宗和气宗两派关系势如水火，互相打斗，仿佛仇人一般。
风清扬本熟习华山剑法又有吸星大法护身，对于剑宗气宗并无任何偏袒，他的回来，气宗剑宗知其武功高强，也就收敛起来。
风清扬的师兄宁清羽垂涎掌门一职已久，于是暗中勾结嵩山派，将三公主朱思楚骗至江南，并悄悄杀害，然后收买了一青楼女子，写信给风清扬让其来江南完婚。
风清扬看到气宗剑宗相安无事，于是高兴地离开华山，去江南娶亲去了。
风清扬来到江南，见到易容的青楼女子，起初并未怀疑，羁绊数日发觉不对，可惜青楼女子全家早已不知所踪。
风清扬知道自己被宁清羽所骗，马不停蹄地赶回华山，等其回去，为时已晚，剑宗、气宗两派在华山玉女峰决斗，剑宗弟子悉数被气宗所杀，华山派已被气宗宁清羽掌管。
风清扬怒不可遏，找宁清羽算账，谁想在江南，他就已被青楼女子下毒，武功大打折扣。
几个回合下来，风清扬就被宁清羽打下悬崖，经脉尽断，武功全失。
宁清羽以为风清扬已死，于是向江湖放言，风清扬因娶亲未成，内心羞愧，自刎而死。
风清扬武功尽失，心灰意冷，苟活数年后，无意中于思过崖发现一剑冢，看到附近洞壁上的文字才知所以。
原来，此剑冢乃前朝大侠杨过所留。耄耋之年的杨过，从终南山古墓来此祭拜欧阳锋与洪七公后，因舟车劳顿，身体不适，无疾而终于华山，其后人为怀念杨过，在思过崖建了一座衣冠冢。
为使独孤九剑传之后世，将独孤九剑的来龙去脉及杨过如何所得全部刻于洞壁，并将剑谱埋于剑冢之中，以期得到有缘人。
风清扬苦心研习独孤九剑，到了常人所不可思议的境界，犹如独孤求败复生，武林中一位惊天动地的人物就此诞生
