1、自毒效应：丝瓜本身分泌的自毒物质主要有萘醌、蒽酸、复醌、鞣质、萜类和甾类化合物，其中包括苯甲酸、羟基苯甲酸、桂皮酸和水杨酸会产生烂根。
2、土壤恶化：丝瓜种植时土壤盐碱化、有害硝酸盐离子的积累、有机物的减少，营养物质的有效性降低等会导致烂根。
3、土传病害：丝瓜土壤中的有益微生物被抑制，有害微生物大量出现，土壤由”细菌型转变为真菌型，会导致烂根。
4、浇水过多：丝瓜浇水多了会烂根，丝瓜本身根不耐水浸，根部会因为缺氧而腐烂，植株的水分营养状况受到影响，从而出现烂根。
土壤
土壤中存在大量的菌体，有些菌体会对丝瓜根茎进行依附和吸食汁液，在前期，丝瓜根茎有褐斑出现，后期便会逐渐扩大，威胁丝瓜生长。而土壤病菌来源有两方面，一是土壤中固有病菌，二是作物重茬连作遗留病菌。
防治方法：建立轮耕是解决土壤病菌的有效途径，其次是土壤清理，在丝瓜种植前对土壤进行处理尤为重要，这也是人们常常忽略的一个环节。土壤处理一般分为物理处理和生物处理，物理处理可以用石灰拌土撒施，但是石灰拌土，土壤容易呈碱性，因此还需要用酸性物质来进行酸碱中和，较为麻烦。二是生物处理，可以用根小子微生物菌肥拌土撒施
