波斯与希腊的战争的直接原因在于波斯对小亚希腊人的压迫以及因此引起的反抗和雅典等邦的干预，较深层的原因在于波斯统治者拓疆辟土的野心。
公元前6世纪中叶，波斯吞并小亚细亚，该地区的希腊城邦被迫向居鲁士称臣纳贡。公元前500年小亚希腊人发动起义。首义之城米利都向斯巴达和雅典等邦求援，雅典和埃列特里亚同意出兵，斯巴达却拒绝了米利都人的要求。
雅典当时并不了解波斯帝国的情况，对西亚形势的变化所知甚少，只因米利都代表在雅典大讲波斯的富裕与波斯人的不堪一击而受到诱惑，再加上雅典人与米利都人有同族人的情感，于是派出20艘三列桨舰前往小亚援助。埃列特里亚出兵则因为米利都曾军援过它，此次是为了回报，象征性地派出5条战舰。
公元前499年，起义军被波斯军击溃，雅典等援军见势不妙，迅速脱离战场，返回本国，丢下起义者孤军奋战。面对波斯重兵，小亚起义各邦组建起一支353艘三列桨舰的联合舰队，坚持了5年战争，终被波斯军各个击破。
公元前494年，大流士一世在小亚彻底恢复统治，小亚希腊人为此蒙受巨大灾难：许多城市和神庙被毁，男子被杀，妇女变为奴隶，儿童受到阉割。残余的居民向地中海西部逃亡，引起一次小规模的移民新浪潮。
