1可以通过尾巴来分辨小巴西龟的公母，雄龟的尾巴雌龟的更为短小，雄龟的尾巴呈锐角三角形，母龟的尾巴根部较为细小，呈条形。
2其次可以抚摸小巴西龟的腹甲来区分它们的公母，雄龟的腹甲略像内凹陷，雌龟的腹甲较为平坦且较为没有凹陷，摸起来较为平滑。
3最后可以观察小巴西龟的生殖器来区分公母，雄性乌龟的泄殖孔在尾巴上，距离腹甲后缘较远，泄殖孔呈长方形。雌性乌龟，在尾巴上，离腹甲后缘较近，泄殖孔呈圆形。
巴西龟分公母主要有四点：
1、前爪：公的长，母的短。
2、尾巴：公的粗长，母的短。
3、泄殖孔：公的在肛盾外侧，母的在肛盾内侧。
4、龟甲：公的龟甲短而宽，母的长而窄。
