主要区别是、车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同，具体如下：
一、车站地址不同
1、商丘南站
商丘市商丘新区南京路东段1号。
2、商丘站
商丘市梁园区站前路59号。
二、车站规模不同
1、商丘南站
建筑面积：24000平方米（截至2019年1月）。站台规模：3台6线（截至2019年12月）。
2、商丘站
建筑面积：21151平方米（截至2018年8月）。站台规模：9台23线（截至2018年1月）。
三、主要线路不同
1、商丘南站
主要线路：京九铁路。
2、商丘站
主要线路：陇海铁路、徐兰高速铁路、商合杭高速铁路。
是两个不同的火车站
商丘南位于京九线正线上，商丘站位于陇海线正线上。
位置不同，火车站在梁园区，火车南站在开发区
公交线路：
1、有许多条公交线路到达火车站，从站点步行100米到达火车站
2、乘坐11路，58路，68路，36路，12路,都可以到达火车南站
3、步行约380米,到达商丘南站
