因为三湖慈鲷有很多的品种，所以并没有完全正确的统一辨别公母的方法。在实际养殖的时候，应根据所养具体品种的特点，来辨别它的性别。不过，三湖慈鲷有一个一般性的特点，那就是公三湖慈鲷乳头很小，形状比较尖锐，而母三湖慈鲷的乳头相对较大，并且形状要圆润一些。用这种方法，可以基本确定所养鱼儿的性别。
二、三湖慈鲷部分辨别公母的方法
1、马鲷：公马鲷的臀鳍比较尖比较锋利，母马鲷的臀鳍比较钝比较圆润。此外，一般同窝的马鲷中，公马鲷的生长速度较快，个体较大，而且发色较早。母马鲷的生长速度较慢，个体较小，而且发色较晚。
2、蓝波：蓝波鱼的公母可以通过臀鳍来辨别。公蓝波鱼的臀鳍上会有很多的卵斑，而母蓝波鱼的臀鳍上基本没有卵斑。
3、蓝面蝴蝶：蓝面蝴蝶的公母可以通过嘴巴的形状来辨别。公蓝面蝴蝶的嘴巴会向前凸出，而母蓝面蝴蝶的嘴巴呈圆弧形，不会前凸。
