井水消毒的方法有几种。
一种常见的方法是使用氯消毒剂，如漂白粉或氯片，按照说明将适量的消毒剂加入井水中，搅拌均匀后静置一段时间，然后用清水冲洗。
另一种方法是使用紫外线消毒器，将井水通过紫外线消毒器进行处理，杀灭细菌和病毒。
还有一种方法是使用滤水器，将井水通过滤水器过滤，去除悬浮物和微生物。无论使用哪种方法，消毒后的井水应存放在干净的容器中，避免二次污染。
井水常用漂白粉或漂白粉精片进行消毒。
(1)直接加氯消毒法：消毒时间和次数应根据用水量和担水的时间决定。在一般情况下，公用井可分早、午、晚各1次或每日2次，用水量较小的家庭水井每日1次即可。消毒前先将井水量计算出来，计算方法为[水量(米3)=井深×x水面直径2×0.8)，再按每立方米(吨)水加漂白粉精片10片或漂白粉10克投加。投加时将所需的漂白粉或辗碎的漂白粉精片放在碗内，加少量冷水搅匀，取漂白粉上清液或漂白粉精片原液
倒入水井中，用吊桶将并水上下搅动数次，半小时后可取用。
(2)持续加氯消毒法；用塑料袋、竹筒、聚乙烯饮料瓶等容器装250克或500克漂白粉，用少量水调成糊状，系上浮标
