间接食用的水一定要选用食品级消毒剂，严格按照说明使用消毒剂的量，投放消毒粉或消毒片后，最好让水在敞口的容器里静置24小时以上，让余氯等挥发掉。若是水泥筑的井壁，消毒后不能立即食用井水，最好浸泡一个月以上，在此期间要不断重复满水抽干操作，这样可以洗去水泥浮沉，除去水泥味。
如果井水是直接饮用的水，为了更加安全，最好是在用水端，用净水器等净水设备，来进行消毒杀菌。净水器的滤芯和滤膜要按规定经常清洗或更换，否则是达不到消毒效果的。
当然，也可以在用水端采用高温消毒。高温消毒的方法一个是煮沸几分钟，切记不能长时间煮沸，这样对健康不利。还有一个方法，就是如果在夏天高温季节，家里面有太阳能热水器等设备，可以把井水装到太阳能热水器里，让太阳把井水晒沸腾，然后放出到干净容器里，继续换水晒开，这样就既省能源能量，又能满足杀菌的需求。
