明朝皇陵在明朝是受到皇家派兵保护的。而到了清军入关，明清交替非常迅速。盗墓贼根本没法趁着混乱去偷盗明朝皇陵。
满族当权，考虑到异族统治，政治和民生尚未稳定，便驻军看守明朝皇陵，以此来笼络人心，使天下信服。所以在整个清朝，也没人敢去打明朝皇陵的主意。
主要包括以下三个方面的原因。
第一个原因就是明朝的皇陵选址选得好，不管是朱元璋选择在南京还是后来朱棣选择在北京的明十三陵，地址选择得都很不错，处于大城市之中，来往的人流较大，盗墓贼想要在众目睽睽之下去盗墓是不太可能的，而清东陵选择的位置比较偏远，才给了盗墓者足够好的地理位置。
第二个原因就是明十三陵在明朝时期，有明朝军队的保护，到了清朝时期，一样还有清朝军队的保护。这一点是清朝统治者做得比较人性化的一件事情，当年李自成入京之后，还打算对明十三陵动手脚，可是在清军入关后，为了得到广大汉人的支持，不仅没有破坏明十三陵，还派重兵把守，让盗墓者没有任何机会去对其进行破坏，要不然在几百年的时间里，想必明十三陵早就被盗了。
除了以上两个原因之外，还有一个十分重要的原因就是明十三陵虽然建造在地上，但是其地宫入口十分难找，这就让盗墓贼望而生畏了，别说盗墓者还是偷偷摸摸去盗墓，就连当年郭沫若等人的考古，都延续了一两年才找到地宫入口。
