两者之间最突出的不同在于：中科院院士的成长，主要靠重点综合大学和大师的熏陶；而工程院院士的成长，主要靠重点理工科大学和大量的工程技术实践成为一名杰出的科学家或技术专家。以中科院院士为代表的高级科学人才，是在科学技术领域作出系统的、创造性成就的者；而以工程院院士为代表的高级技术人才，是在工程技术方面作出重大的、创造性成就和贡献的专家。两者虽都是高级人才，但工作性质不同，成才的影响因素也可能不同。
有科学院和工程院双院士，如1994年中国工程院成立时产生的第一批96名院士中有30人本来就是中国科学院的院士，他们是最早的“双院士”。
