三塔寺位于安徽滁州市全椒县。
相传全椒神山乃东方神话系统中男仙领袖东王公和女仙领袖西王母相会之所，全椒所辖东王乡、西王乡乃东王公和西王母住处的简称。
又传说西王母的侍女许飞琼在全椒植白花两株，一株植在六镇，人皆不识品种，故以许飞琼之名，称之“琼花”。一株植在六镇镇东王山区，为白色牡丹。全椒自此有“六丈琼花”和“东王牡丹”之芳名，这些在明清时的《全椒县志》中可见端倪。
相传当年许飞琼在六丈镇植琼花时，还建有一座巨大的琼花池，因为琼花来自仙家，所以愈发的枝繁叶茂，花团锦簇。到了隋朝，隋炀帝闻讯后移琼花于扬州土祠后，扬州始有琼花。
隋朝灭亡后，全椒乡邑、北宋参知政事张躁在所作《琼花池》中，曾用“此花已去不须嗟，亡国亡家总为他。父老不知前日事，逢人口口道琼花”来慨叹这一段历史的尘埃。
宋以后移植琼花于汴梁（开封）、杭州皆不得活，回植扬州又能复活，坊间说其是有情之物。宋亡元兴的那一年，扬州琼花突然死去。是否这花也有情，而为大宋王朝的灭亡悲伤呢？
今天的扬州琼花乃元至正三十三年，道土金丙瑞，以“聚八仙”（一植物俗名）补种在扬州琼花观，后人称琼花者，实是“聚八仙”，真正的琼花早已没了踪迹。
相传隋炀帝移植琼花的时候，在六镇的琼花池边便建了寺庙，以取天地灵气，只是当时的寺名已不可考，但建寺的时间倒是与历代方志所载建于隋大业（605-618）年间相契合。
北宋徽宗大观元年（1107年），后人在寺前建塔三座，古寺因之更名为“三塔寺”。到了明代洪武年间，因皇子皇孙要去盱眙（古泗州所辖）、凤阳祭拜明祖陵和明皇陵，出南京城渡江后有水相隔，于是拆了三塔，把砖块运到江浦境内修建毛垣桥（位于今天的滁宁公路上），三塔尽毁，古寺元气大伤。直到明天启年间，三塔寺得到重新修缮，时杨宏宇作有《重修三塔寺记》，原存于殿后，惜毁于抗战时期。清代曾经有白衣道人方定国居此，杭州知府、乡贤薛时雨作有《白衣道人行》诗存世，三塔寺更加知名。
现存三塔寺诸建筑，基本上是民国时期僧了明募建的。了明俗姓余，原籍和州，剃度于琅琊山达修僧。民国十五年（1926）前后，主持三塔寺，当时古寺迭经兵燹，断垣残壁，了明四处化缘，招集工匠，建窑烧砖，历时十年，古寺重见新颜。
了明在重修三塔寺时，在二进正殿东首，建了一座大悲楼，雕梁画栋，几净窗明，以供游人休憩。现由主持僧辟为念佛堂，兼作接待各界人士之用。
1944年前后，国民党新桂系军队驻扎在古河，拆庙毁宇建筑碉堡，三塔寺危在旦夕，众僧万分焦急。一天，代理皖东指挥官曹茂宗巡视途经三塔寺，在佛像前停立良久，住持僧了明得知曹信佛教，忙上前施礼，抓住时机，殷勤款待，并一直尾随曹到古河，取得一张“佛教圣寺，严加保护”的告示，张挂寺前，幸免拆毁。
解放前夕，全椒籍民主人士一度利用该寺房地产兴办了“全椒县农业职业初级中学”。
在文化大革命时期，三塔寺毁坏严重，一度被粮站占用，虽然保存了建筑物，但佛像、石刻、部分诗联荡然无存。
1981年6月，全椒县人民政府公布三塔寺为县级重点文物保护单位，1986年被定为省级重点保护寺观。三塔寺重归宗教部门管理，省民委拨来专款，重新修葺，重塑佛像，从琅琊寺聘请僧觉慧来寺主持，1987年元月对外开放，每年正月十五庙会期间，更是香火不断，人流如织。
三塔寺现存殿宇五进，廊房回曲，古色古香，各殿均有佛像。一进为山门殿，二大金刚守护寺院；二进为天王殿，正面端坐着弥勒佛，背面是韦驮立像，两厢是“护世四天王”威立；三进为大雄宝殿，正中莲花台上端坐着佛祖释迦牟尼，迦叶、阿难两大弟子立于两边。背面是南海观音，龙女和善财童子分列左右。
大殿两边是十八罗汉；四进为地藏殿，供奉着地藏菩萨。五进为三世殿，供奉着三尊佛，中为释迦牟尼佛，左为药师佛，右为阿弥陀佛。五进后面，新修了一个大殿，亦已封顶。
三塔寺院内曾有古松一株，广十余围，高四、五丈，传有白鹤栖于上，为飓风所毁，伐之有异香。大悲楼前有一小庭院，昔有千年黄杨一株和绝世牡丹百余株。每年花开之时，文人雅士多会于此，唤做“牡丹诗会”，留下颇多风流诗文。
明进士吴国龙《三塔寺》诗云：“偶过萧关息，悠悠爽到秋。鸟为松子下，我以树香留。冗底观松简，嚣余觉寺幽。更欣新再足，恰称小溪流”，清代的薛时雨、吴山尊，近代的王宗沂、鲁光华、张汝舟、刘子善等许多文人都在此留有匾额联语诗书文字。
该寺建于明代万历年间，由我国历史上禅宗高僧了尘施工建造。神宗之母李艳妃多次亲往朝拜，巍巍然三座古塔便是明代帝王嫔妃礼拜后所赐赠建造。大清年间，从宁波而来的一代高僧贡嘎上师支持黄教领袖寺庙菩萨顶后，又将三塔寺修葺一新，三塔寺便成为五台山黄教道场，并深受康熙、雍正两位皇帝重视。一九八六年，照圆法师开始住持该寺。
该寺住东向西，与三泉寺，寿宁寺，西寿寺同为中台胜景灵迹。三塔寺因寺内三塔而得名，此三塔为明代遗物，中间为文殊舍利，两侧分别为普贤、观音舍利。到了清代，有一位从宁波来的喇嘛住持菩萨顶，把三塔寺作为自己静修的地方，藏教文化便开始渗入该寺，地藏舍利也就应运而生。
