存在一些潜在的坏处：
1. 造成污染：如果不正确使用或处理，EM菌有可能会对生态环境造成污染，例如在土壤或水体中的大量使用可能会导致细菌大量繁殖和污染，从而对地下水源造成污染。因此在使用 EM 菌时需注意适量使用和正确使用方法。
2. 减少人体对于有害微生物的抵抗力：在生产环节中，对于某些食品或者饮料使用 EM 菌的时候，有可能会抑制有害细菌，但是也会抑制有益菌群，从而可能降低人体的对有害微生物的抵抗能力。
3. 减少土壤营养物质：虽然使用 EM 菌可以改善土壤结构，但导致一定程度的营养物质流失。因此，虽然使用适量的 EM 菌可以促进土壤的增效，但过量使用可能会产生负面影响。
