转录组测序是一种高通量测序技术，可以在基因组水平上对细胞或组织中的全部或部分mRNA、miRNA、lncRNA进行测序分析。转录组测序的原理是利用cDNA技术，通过统计相关Reads（用于测序的cDNA小片段数）计算不同mRNA的表达量，分析转录本的结构和表达水平，同时发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变剪切位点以及编码序列单核苷酸多态性。
转录组测序主要针对线性的mRNA以及lncRNA（长非编码RNA），基本的流程就是我们刚才介绍的；小RNA测序主要针对18~40个nt的小分子RNA（比如miRNA、snoRNA等），需要在构建文库之前通过片段选择富集小分子RNA；而环状RNA测序则需要先使用。
转录组测序技术的应用非常广泛，可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异，包括正常组织与肿瘤组织；药物治疗前后的表达差异；发育过程中，不同发育阶段，不同组织的表达差异等等。此外，转录组测序还可以用于基因结构预测、可变剪切和其他转录修饰，并可定量测定每个转录本的数量。
转录组测序(Transcriptome sequencing)是一种用于分析细胞或组织中所有基因的表达水平和转录本的方法，通常用于发现新的基因和变异体，研究基因表达和调控，以及探索复杂疾病的分子机制。以下是转录组测序的基本原理：
1.RNA提取：从细胞或组织中提取RNA，并去除DNA和蛋白质。
2.RNA质量评估：对RNA进行质量评估，如RNA完整性、纯度和浓度等。
3.RNA文库制备：将RNA转录为cDNA，然后构建文库，通常使用聚合酶链反应(PCR)扩增。
4.测序：使用高通量测序技术，如Illumina、PacBio或Oxford Nanopore技术，对文库进行测序。
5.数据分析：将测序数据与基因组参考序列比对，并计算每个基因和转录本的表达水平。可以使用不同的生物信息学工具进行数据分析，如DESeq、Cufflinks、Kallisto和Salmon等。
转录组测序的优点包括高精度、高灵敏度、高通量、高效性和可重复性，已成为分子生物学、基因组学和生物信息学的重要工具。
