菜籽饼制作花肥的发酵方法很简单，首先就是要把菜籽饼给碾碎，然后放入一个比较大的容器当中，接着倒入清水进行混合搅拌，只要保持菜籽饼渣一个湿润的状态就可以了。当菜籽饼渣和清水达到容器百分之七八十的位置时，就可以把它放到一个温暖通风的地方进行发酵了。
因为菜籽饼在发酵的过程当中，可能会形成菌群反应，也就是会发霉变质，甚至还会产生令人不适的异味，所以尽可能的把它放到一个较为通风而且远离房屋的地方。在发酵菜籽饼肥的时候，还可以往里面加入一些橘子皮和柚子皮等具有芳香挥发物质的东西，这样也可以有效地改善异味的问题。而且在这次发酵的过程当中不能心急，如果是发酵好的菜籽饼肥是没有异味的。
菜籽饼肥发酵两到三个月左右时间时，它就不会产生白菌，而且臭味也接近没有，就意味着发酵完成了，这时候就能够给花卉植物进行施肥使用了。
