首期（东段：东湖-黄埔客运站），起点为东湖，线路沿珠江北岸东行，止于黄埔客运港，共设约14个站点。具体站点是：东湖（换乘6、10、12号线）—二沙东—省博—潭村南—红砖厂—金融城—新涌口—三溪（换乘5、23号线）—黄埔港—裕丰围（换乘7、13号线）—文船—南海神庙（换乘13号线）—西基—黄埔客运港（换乘5、40、东莞1号线）。
二期（西段：龙溪-东湖），线路由东湖向西行，止于龙溪，共设约9座站点。站点分别为：龙溪（换乘广佛线、佛山7号线、佛山16号线）—步漖—汾水—花地湾（换乘1号线）—芳村大道东（换乘11号线）—凤凰新村（换乘8号线）—南田路（换乘24号线）—仲恺路—东湖（换乘6、10、12号线。
广州地铁25号线的站点设置，第一期为东湖-二沙东-省博-潭村南-红砖厂-金融城-新涌口-三溪-黄埔港-裕丰围-文船-南海神庙-西基-黄埔客运港。
第二期为龙溪-步漖-汾水-花地湾-芳村大道东-凤凰新村-南田路-仲恺路-东湖。广州25号线，这个线路是很清晰的。主要是有利于黄埔区和佛山中心城区的发展。
