主要原因有:1、土壤中缺磷。由于磷素不足，玉米碳水化合物的代谢受到破坏，因为叶片内积累的糖分过多，形成花青素，从而导致叶片变紫。
2、土壤通气透水性差。由于地势低洼，积水受涝或地面板结，导致玉米根系发育不良，因而引起玉米幼苗发红或发紫。紫苗在低温、板结和排水不良的地块上出现的较多。
3、低温。玉米出苗后，如遇到低温，根系发育不良，降低了吸收磷的能力，同时低温导致土壤有效磷的有效性降低，也常常会使玉米叶片变红或变紫。
玉米果实发黑主要由玉米穗腐病引起的，当玉米感染穗腐病后，剥开感染病害的玉米棒，在玉米粒上会有大量白色的菌丝和红色的粉状物，随着病害的加重，玉米果穗出现腐烂，出现紫色红色的玉米粒，以及大量的红色粉状物，这样的玉米不能食用也不能当作饲料，严重影响玉米的种植经济效益。
