益生菌和益生元区别在于它们的成分以及制作标准是不同的，益生菌和益生元相比保存环境要更加严格一些。
益生菌作为肠道的菌群，以双歧杆菌、酵母菌、乳酸菌为代表，主要作用是促进人体对营养物质的吸收、提高人体的免疫力以及抑制腐败微生物的生长。不过益生菌对保存环境的要求很挑剔，因此在生产和包装时都有很精细的标准度。而益生元作为一种促进益生菌生长繁殖功能的低聚糖，主要作用是促进益生菌的生长。简单来说，它就是益生菌的食物，服用益生元可以起到肠道菌群调控的作用。不过对其保存环境以及生产包装的要求没有益生菌高。
所以，对于大多数需要增强肠道蠕动及吸收的人来说，服用益生菌和益生元其中之一都是不错的选择，可以促进肠胃的吸收，帮助人体消化。
二者的性质不同，益生菌是指对人体肠道有益的微生物，而益生元只是能改善和促进新陈代谢的有机物。
且二者的保存条件也有不同，益生元保存没有特别的要求，而益生菌的生产和包装都比较严格，而且载体偏重于粉剂、胶囊等状态
