内陆土著淡水鱼类共804种，其中鲤形目鱼类有632种，占总数的77.2%；其次是鲶形目鱼类共84种，占总数的10.4%；鲈形目鱼类56 种，占总数的6.9%；鲑形目鱼类22种，占总数的2.7%；鲟形目7种。内陆水域常见和产量多的主要淡水经济鱼类有 50 多种。
沿海是海水鱼类繁殖的良好场所，现记录约有物种 1500 多种。黄海、渤海海区鱼类约有 260 多种，主要是温带牲种类；东海海区约有 400 多种，主要是温水性鱼类；南海海区种类极其丰富，约有 1100 种，大部分属于瑷水性鱼类。
现己查明有 80 多种珍稀濒危野生动物。国家一级保护濒危野生动物中的鱼类有中华鲟、达氏鲟、白鲟、新疆大头鱼等；国家二级保护濒危野生动物中的鱼类有大鲵、黄唇鱼、松江鲈鱼、克氏海马、胭脂鱼、大头鲤、大理裂腹鱼、花鳗、川峡哲罗鱼、秦岭细鳞鲑、文昌鱼等。
