有31个直属院系。
分别是:南京大学有南京大学文学院、南京大学历史学院、南京大学大气科学学院、南京大学地理与海洋科学学院、南京大学计算机科学与技术系、南京大学电子科学与工程学院、南京大学现代工程与应用科学学院、南京大学新闻传播学院、南京大学商学院、大学外国语学院、南京大学法学院。南京大学生命科学学院、南京大学政府管理学院、南京大学信息管理学院、南京大学社会学院、南京大学艺术学院、南京大学化学化工学院、南京大学环境学院、南京大学医学院、南京大学软件学院、南京大学工程管理学院、南京大学匡亚明学院、南京大学大学外语部、南京大学体育部。南京大学艺术研究院、南京大学建筑与城市规划学院、南京大学海外教育学院南京大学创新创业学院、南京大学美术研究院、南京大学教育研究院、南京大学中华文化研究院、南京大学能源科学研究院、南京大学模式动物研究所、南京大学人工智能学院、南京大学金陵学院等学院