沼气发酵是多种微生物参加的生化反应，自身具有调节酸碱反应、氧化还原反应等能力。但有时为了某种需要，也可以加入一些化肥或其他化学物质。
例如，为了调节酸碱度加人石灰；考虑酸性沼液的溶磷作用而加人磷矿粉；以及为了彻底消灭病原菌和寄生虫卵加人氨水或石灰等。这些措施只能在短时期显示作用或者仅仅对发酵的某个阶段有利，若加入过多则会产生许多新问题。
例如，加石灰对调节启动时的酸碱反应有些作用，但必须在挥发性酸超过0.3%的情况下使用。否则沼气池内的二氧化碳与石灰结合就会妨碍沼气发酵和池内清理，导致因碱度过高而逸氨；又如加入氮化肥以调节发酵料的碳氮比，这在发酵初期有助于反应加速进行，但若加量过多也会对反应的中、后期起抑制作用，甚至促使跑氨。
