1. 云南哀牢山国家级自然保护区
2. 云南高黎贡山国家级自然保护区
3. 云南大山包黑颈鹤国家级自然保护区
4. 云南大围山国家级自然保护区
5. 云南金平分水岭国家级自然保护区
6. 云南黄连山国家级自然保护区
7. 云南文山国家级自然保护区
8. 云南无量山国家级自然保护区
9. 云南西双版纳国家级自然保护区
10. 云南西双版纳纳版河流域国家级自然保护区
11. 云南苍山洱海国家级自然保护区
12. 云南白马雪山国家级自然保护区
13. 云南南滚河国家级自然保护区
14. 长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*
15. 云南药山国家级自然保护区
16. 云南会泽黑颈鹤国家级自然保护区
17. 云南永德大雪山国家级自然保护区
