西安交通大学更好一些。
西安交通大学位于西北陕西省会西安，可以说西安交大是陕西高校的“老大哥”。在教育部第四轮学科评估中，西安交通大学动力工程和电气工程获得A+，工商管理、数学等4个学科获得A，还有8个学科获得A-。共有14个学科入选A类。
西交大相对要好些。
东南大学与西安交大两者均是国家“双一流”、“985工程”、“211工程”重点建设高校。具体比较如下:
1、学校学科:
西安交通大学：学校拥有电气工程、动力工程及工程热物理等2个A+级学科，另外有4个A级、8个A-级学科；拥有力学、信息与通信工程、管理科学与工程、材料科学与工程、机械工程、电气工程、动力工程及工程热物理、工商管理等8个双一流学科；在国家级一流本科专业建设项目中，学校入选本科专业达到40个。
东南大学：学校拥有建筑学、土木工程、生物医学工程、交通运输工程、艺术学理论等5个A+级学科，另外A级学科1个、A-级学科6个；学校拥有材料科学与工程、信息与通信工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、控制科学与工程、土木工程、建筑学、交通运输工程、生物医学工程、艺术学理论、风景园林学等11个双一流学科。在国家双万计划中，共有35个本科专业入选国家级一流本科专业。
2、学校实力:
截止2020年，二所高校的全职院士人数分别为西安交通大学13人、东南大学10人。
从2021年ESI排名来看，西安交通大学排名全国第17位，东南大学为第25位，二者实力悬殊并不是很大。全球高被引科学家排名，西安交通大学有科学家7人，东南大学15人。
综上看，两所院校实力在伯仲之间，现阶段西安交大略有些优势。
