黄芩野生于山顶、山坡、林缘、路旁等向阳较干燥的地方，喜温暖，耐严寒，成年植株地下部分在-35℃低温下仍能安全越冬，35℃高温不致枯死，但不能经受40℃以上连续高温天气。耐旱怕涝，地内积水或雨水过多，生长不良，重者烂根死亡。排水不良的土地不宜种植，土壤以壤土和沙质壤士，酸碱度以中性和微碱性为好，忌连作。
根的生长习性
黄芩为直根系，主根在前三年生长正常，其主根长度、粗度、鲜重和干重均逐年增加，主根中黄芩苷含量较高。第四年以后，生长速度开始变慢，部分主根开始出现枯心，以后逐年加重，八年生的家重黄芩几乎所有主根及较粗的侧根全部枯心，而且黄芩苷的含量也大幅度降低。
