硅化木的价值在于它的天然性，这也是其最重要的特色和属性之一，自然形成的纹理、色彩、造型，使得每一件硅化木都是独一无二的。对于硅化木的清洗和保养方法，常见的养石方法有以下几种。
第一种：水养
水养这种方法最常见、最简单易行，对于大部分奇石都很适用，特别是硅化木原石在采集、运输过程中，难免会对树皮、石肌造成一定程度的损伤。这种情况下，可以先将硅化木置于露天的水泥石架上，定期浇水，并让其经受日晒雨淋，使之在质感、色感等方面达到调和。 硅化木可以一两天浇一次水，使其表面保持润泽；也可以用半湿的布擦拭，使其保持整洁。
第二种：手养 手养这种方法适用于小件硅化木。经常用手把玩、抚摩，石头吸收人体毛孔排出的油脂，天长日久，石体会发出成熟的光泽，经常把玩的石头就会变成熟石，这种光润可人的石表现象，行话为包浆，包浆越凝重越好，既体现了收藏者对硅化木的爱护，也为硅化木的自身增色、增值。
第三种：蜡养 蜡养上蜡既能使纹理图案清晰，又能使石头更加温润，强化硅化木的天然之美。蜡养的硅化木要求硬度较高，硬度较低的硅化木表面粗糙，吸蜡后颜色易变得黯沉。 上蜡适宜在夏季高温的情况下进行，先将硅化木表面清洗干净，然后用一块固体石蜡往石表上涂蜡，此时石头的温度要能使石蜡熔化，温度宜高不宜低。随着石头的冷却，熔化的石蜡也凝固在石表之上。上蜡的量要以蜡液能全部被石表吸收为准。
第四种：钢刷 新采集到的硅化木，受自然环境的作用，一般表面会有许多附着物如污垢、伴生物等。为了更好的体现硅化木在形、质、色、纹、意等外观上的特点，需要进行简单的人工处理，将原石表面的附着物除掉。由于附着物一般有一定的硬度，故有石友使用钢刷对附着物进行清除。使用钢刷时一定要有耐心，边刷边看，适可而止，注意不要破坏石相，影响硅化木的观赏效果。只要使用得当，一般不会损害原始的表面，不露人工痕迹的。有些原石的附着物硬度较大，且分布面广，而且与原石在物质成分上根本不同，可以考虑用化学反应来清除附着物，如用盐酸浸泡清洗。使用化学反应清除附着物时，因受条件限制不能准确的判断原石和附着物的成分，可以采用先同类原石试用、再由调节盐酸浓度稀到浓、浸泡时间由短到长的方法摸索进行，以免造成原石的破坏性损伤。
