首先，鸬鹚捕鱼是大小鱼通吃。众所周知，电鱼被禁就是因为它们会把大鱼、小鱼还有其他的生物全部都给电死了。而鸬鹚捕鱼也有一个缺点，就是它们也是大小鱼通吃的。前面也介绍了，鸬鹚捕鱼的效率很高，一天一只就能捕获20来斤。而有些很多的渔民又不只是养殖几只，往往都是养殖一群，这样一天捕获的渔获数量就非常大，会导致水中鱼类的大量减少。同时为了让鸬鹚多捕鱼，往往都会先让它们饿一段时间才下水，这样鸬鹚在水中就会大小鱼通吃，其危害和“电鱼”是差不多的，一样也是“断子绝孙”的捕捞方法，这样对当地的 生态环境就会造成危害。
其次，鸬鹚捕鱼多是在鱼类的繁殖季节。鸬鹚并不是全年都会捕鱼的，它一般是集中在11月份到次年的3月份。可是这个期间正是很多鱼类产卵的季节。如果采用鸬鹚来捕鱼，就会导致很多产卵的鱼类被大量捕捞上来，这很明显就会影响到鱼类的可持续发展。
