人体的肠道与外界相通，肠内栖息着大量微生物，其种类和数量在人处于健康状态时，保持相对稳定和平衡，被称为正常菌群或原籍菌群(Normal bacteria flora)，它们是机体内环境中不可缺少的组成部分，并且它们中的大多数与人体在漫长的协同进化过程中形成了共生关系。
一方面人体选择性地让某些微生物定植于肠道，并为其提供适宜的栖息环境；另一方面，这些微生物及其代谢产物又促进肠黏膜免疫功能的完善和影响、参与人体的多种代谢功能。人体肠道内有益菌的种类和数量的多少，在一定程度上可以反应出人体的健康状态。
