有以下两个：
一：鼬是一个思想及其成熟的人，为了保护木叶村，他选择灭族。
年少时的鼬，说是天才完全不过分，即使看过一遍结印方式就可以放出豪火球之术，年纪轻轻就学会了一堆高级别的忍术，并且很早就开启了宇智波一族的写轮眼。不仅仅在能力方面，年少时的鼬已经在思考生命的真谛，忍者是什么，村子又是什么，生命的意义到底是什么，即使看起来与年龄很不相符，鼬在很小的时候就开始想这些问题了。

木叶村是由千手柱间和宇智波斑创立的，宇智波一族和千手一族一直是村子里的两大家族。原本两大家族实力相当，在经历终结之谷一战后，宇智波斑传言死亡，双方实力发生变化，宇智波一族处于劣势。到了千手扉间担任火影时，原本对于宇智波就有意见的扉间将宇智波一族调到了村子的边缘任其担任村子的治安问题，借此削弱其实力。二代死后，宇智波一族实力越来越弱，地位也越来越低，为了提高全族的地位，部分宇智波想要造反，夺取木叶政权。

为了打探消息，宇智波一族将鼬派往暗部做间谍。鼬的直觉告诉他，宇智波一族如果造反，将会和村子两败俱伤，外族将会趁机入侵木叶，到时候会有更多无辜的人受伤。于是他将消息告诉了三代火影，宇智波鼬从此成为了反间谍。后来，团藏介入了此事，一向激进的团藏不赞成三代火影与宇智波一族共存的提议，不仅偷袭了鼬的挚友宇智波止水，还威胁鼬灭族。如果不这么做，将会有更多人因此而死。为了村子的和平，宇智波鼬只好同意了灭族的提议。

二：鼬是一个温柔的人，为了保护佐助，他只能选择灭掉宇智波一族。
在鼬小的时候，他遇到了一辈子都要保护的人：弟弟，宇智波佐助。当鼬第一次从妈妈怀里接过来佐助的时候，佐助就成为了他最在意的人。保护弟弟是他一生的追求。
当团藏袭击了挚友宇智波止水之后，见到昔日好友死在自己面前，鼬悲愤欲绝，因此觉醒了万花筒写轮眼。当团藏威胁鼬灭族的时候，即使鼬很伤心，他也只能执行村子的命令，因为他根本无法决定同族的生死。但是他最不放心的就是弟弟佐助，于是他以灭族为前提条件，要求木叶上层不对佐助出手。于是乎，鼬亲手灭了宇智波全族，包括他的父母。

灭族之后，鼬离开木叶，加入了晓组织，一方面自己有了栖身之地，另一方面是收集晓组织的信息，以防它对木叶造成威胁。但是他做这些是有条件的，就是木叶高层不能对佐助出手。所以，当大蛇丸袭击木叶后，由于与自己约定的三代火影猿飞日斩战死，为了防止团藏反悔。鼬和鬼鲛前往木叶村，并与卡卡西一行人起了冲突，其实以鼬的实力完全可以打败他们，为什么不这么做呢？原因就是，他想向高层宣布：宇智波鼬还活着，并且一直观察着村子的动向，不准对佐助出手。于是，鼬只是匆匆现身便匆匆离去。

离开村子后，面对追上自己的佐助，鼬以灭族之夜同样的话刺激佐助，激励他不断努力，直到可以保护自己。后来，佐助叛离木叶，实力大增后寻仇鼬，此时的鼬已经疾病缠身，不久于人世。其实以鼬的实力完全可以打败佐助，但他选择败给佐助，一是满足他杀死自己的愿望，另一个就是将自己的眼睛交给佐助。因为万花筒写轮眼长期使用会逐渐失明，只有移植别人的万花筒才能成长为永恒万花筒。移植了眼睛的佐助，因此获得了强大的力量。

以上两点，便是鼬灭族的原因，其实鼬最主要的目的还是保护佐助。从决定灭族的那一刻开始，这个男人就将他的一切交给了弟弟佐助。不论是暗中保护，还是将眼睛给他，或者是为了防止他毁灭木叶，将别天神寄存于鸣人体内。鼬将一切都规划好了，他独自一人背负起了灭族的骂名，忍受着最爱的弟弟的憎恨，抱着愧疚活下去，直到佐助能够保护自己。
