《管理办法》明确，生态环境损害赔偿资金作为政府非税收入，实行国库集中收缴，全额上缴赔偿权利人指定部门、机构的本级国库，纳入一般公共预算管理。
生态环境修复相关支出纳入省级、州（市）级一般公共预算，按照预算管理有关规定执行
资金原则上应用于损害结果发生地。
第十一条 修复项目和修复单位确定后，由修复单位向赔偿权利人同级相关主管部门提出生态环境损害赔偿资金使用申请，同时提交生态损害赔偿资金使用方案、支出预算及相关文件资料，并对提供材料的真实性负责。上述材料经相关主管部门审核后报同级财政、环保部门审批。
第十二条 财政部门按程序及时收缴、拨付生态环境损害赔偿资金，审核批复资金支出预算，组织实施资金绩效管理和财政监督检查。
第十三条 生态环境损害赔偿资金支付按照国库集中支付制度有关规定执行。属于政府采购范围的，按照政府采购有关规定执行。
