导致君子兰烂根的原因有三个，一是水分过多，无论是苗期还是成熟期的君子兰，都不能水分过多，一旦水分过多，温度过高，再加上不透气，很容易出现烂根现象。二是土壤不适宜。腐叶土、马粪土、泥炭土配制的营养土应充分发酵。如果没有发酵果实的生土在高温下栽培，生土会因发酵而灼伤君子兰的肉质根。第三，过量施肥，特别是大量施用化肥时，会对植物产生刺激，在短时间内促进叶片生长，但对肉质根系会造成很大伤害，容易造成根系萎缩和腐烂。
烂根的处理
只要不是烂心烂茎，就不难挽救。君子兰腐烂的根会停止生长，叶子会开始变黄。这时，要及时把盆拿掉，把老土移开，清理干净，把根浸在水里，这样才能看出哪些根烂了，再把烂根切掉。去除后，根茎应浸泡在高锰酸钾溶液中。如果要在新的土壤中再植，根会腐烂，因为细菌留在根茎里。因此，在高锰酸钾溶液中浸泡后，可以杀死细菌。在防治上，要在阴凉处晾晒至半干，不能完全晾干。在选择新盆、新土种植时，最好用消毒后的土。在土壤下面添加一些腐烂的有机肥料，有利于土壤的恢复和生长。种植后，应在阴凉通风处饲养，避免高温。同时，也要注意土壤水分过多。
茎腐病的原因及处理
在叶面喷水或施肥时，水、肥液流入叶基缝，高温或过量施用基肥，加热燃烧叶基会造成茎腐。如果君子兰的叶基只是部分腐烂，腐烂的叶子可以去掉，然后清洗。伤口可以用多菌灵浸泡1000次，晾干，再植，正常处理。
