1、含义不同
一类特色专业:是高校在长期办学实践中逐步形成的富有个性风貌的专业，是在办学思想、科学研究、培养模式等方面具有显著特色和较高声誉的专业。
国家重点学科专业一般是指高校或学术性科研机构，将有限的资源用于某些学科，以实现人才和技术上的突破，在激烈的竞争中占领专科建设与发展的一席之地，这些专科被称为“重点学科”。
2、层次不同
一类特色专业是全国范围遴选的教学成果和人才培养比较有特色的专业，一本是本科第一批次录取的院校或专业，很多二本院校都有国家级特色专业。
国家重点学科专业，有校级、省级、国家级等不同层次。
3、难度不同
一类特色专业一般是根据学校的传统和特点而设置的，不能代表同类专业的最高水平，但相对其他没有这种特色专业的高校要具有优越性。 特色专业可能发展成重点学科，但有较大的难度。
重点学科是遴选出来的，数量很少，分国家级和省部级。代表有这种博士、硕士学科的所有院校在该领域科研的最高水平。
