上海海事大学前身为创建于1909年7月的晚清邮传部上海高等实业学堂船政科,开创了我国高等航海教育的先河。1912年成立吴淞商船学校,1933年更名为吴淞商船专科学校。1959年交通部在沪组建上海海运学院。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。
为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展,根据上海市高校布局结构调整规划,2008年上海海事大学主体搬迁临港新城(现上海自贸区临港新片区)。2019年学校成功举行110年校庆系列活动。
上海海事大学的前身是1909年成立的上海市太平洋船舶码头西北尾培训中心和上海船舶机械学校,是中国第一所以船舶工程为主的海上院校。