主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、产地生境不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、崖柏
崖柏，是松杉纲、松杉目、柏科、崖柏属、崖柏种植物。
2、侧柏
侧柏，是松杉纲、松杉目、柏科、侧柏属、侧柏种植物。
二、形态特征不同
1、崖柏
灌木或乔木；枝条密，开展，叶片鳞形，生于小枝中央之叶斜方状倒卵形，有隆起的纵脊，先端钝，宽披针形，较中央之叶稍短，两面均为绿色，无白粉。雄球花近椭圆形，交叉对生，药隔宽卵形，幼小球果椭圆形，种鳞交叉对生，最外面的种鳞倒卵状椭圆形，未见成熟球果。
2、侧柏
常绿乔木。树冠广卵形，小枝扁平，排列成1个平面。叶小，鳞片状，紧贴小枝上，呈交叉对生排列，叶背中部具腺槽。雌雄同株，花单性。雄球花黄色，由交互对生的小孢子叶组成，每个小孢子叶生有3个花粉囊，珠鳞和苞鳞完全愈合。球果当年成熟，种鳞木质化，开裂，种子不具翅或有棱脊。
三、产地生境不同
1、崖柏
崖柏主产于中国四川大巴山、华北地区太行山脉，一般生长在海拔700-2100米的悬崖峭壁的崖缝中。阳性树，稍耐阴，耐瘠薄干燥土壤，忌积水，喜空气湿润和钙质土壤，不耐酸性土和盐土；要求气温适中，超过32℃生长停滞，在-10℃低温下持续10天即受冻害。
2、侧柏
产于中国内蒙古南部、吉林、辽宁、河北、山西、山东、江苏、浙江、福建、安徽、江西、河南、陕西、甘肃、四川、云南、贵州、湖北、湖南、广东北部及广西北部等省区。喜光，幼时稍耐荫，适应性强，对土壤要求不严，在酸性、中性、石灰性和轻盐碱土壤中均可生长。耐干旱瘠薄，萌芽能力强，耐寒力中等，耐强太阳光照射，耐高温、浅根性，以海拔400m以下者生长良好。抗风能力较弱。
