1、配制成分不同：
营养土的成分是富饶的大田土、石灰质与沤肥农家肥料混和。基质土是由经过发醇或碳化等过程处理的农业和林业废料，再结合陶料、泥炭土、蛭石等所组成。
2、土质和营养成分不同：
基质土一般情况下都是十分松散的，营养成分也并不高，只能应用于普通栽培。营养土中却含有大量的营养成分，具有松散换气，锁水固土的作用，没有病虫害。许多家庭都会用营养土来养多肉植物。
3、培育对象不同：
基质土因为呈中性化或酸性的特点，比较适合养钵和穴盘育苗。比如说：甜瓜、香瓜、丝瓜等这些怕伤根，不抗栽种的蔬菜水果选择基内质育苗是最好的。但是像甘蓝、油菜花、西蓝花等蔬菜水果，育苗自主配制营养土较为合适。值得注意的是，选用的基质假如品质不合格的话，就会出现病虫害，就地配制的营养土能够有效防止这一现象的发生，防止一些病虫害的长距离散播。
