1、排名第一：动物医学
专业培养目标：以培养“厚基础、强能力、高素质、广适应”的兽医师为目标。毕业生应具有系统而深入的专业知识、具有较为宽广的自然科学和人文科学知识，具有创新意识和发展潜力，适应性强，具有在兽医医疗、兽医管理与执法、兽医技术服务、兽医教育与科研及相关部门从事动物医疗、执法监督、管理、教学、科学研究、技术服务等方面工作能力的专业人才。
2、排名第二：农学
专业培养目标：本专业的培养目标是培养具备作物生产、作物遗传育种及种子生产与管理等方面的基本理论、基本知识和基本技能，能在农业及其它相关的部门或单位从事与农学相关的教学与科研、推广与开发、生产与管理等工作的高素质人才。
3、排名第三：农林经济管理
专业培养目标：本专业培养具有系统的经济科学和管理科学的基础理论和相关的农林业科学知识，掌握农林业经济管理的基本方法和技能，熟悉经济发展规律和宏观经济政策，具有创新精神和实践能力，能在各级政府部门、各类农林企业、教育科研单位从事政策研究、经营管理、市场营销等方面工作的学术研究型人才和复合应用型人才。
4、排名第四：植物保护
业务培养目标：本专业培养具有宽阔的人文、社会和自然科学领域的基础知识和扎实的植物保护专业基础知识，具备植物有害生物的识别、发生规律及安全控制等方面的知识技能和宽阔的国际视野，能在农业、林业、园艺、园林、环保、商贸、粮食储藏与食品安全等行业从事有害生物相关的科研、教学、技术推广、开发、行政管理等方面工作的植物保护学科领域的拔尖创新型人才和复合应用型人才。
5、排名第五：土地资源管理
业务培养目标：南京农业大学土地资源管理专业可以上溯到20世纪20年代南京农业大学的前身——中央大学和金陵大学。1992年南京农业大学成立了全国第一家土地管理学院，该校土地资源管理专业2003年被评为江苏省品牌专业，2008年被评为国家级特色专业，2012年被评为江苏省重点专业，2015年入选江苏高校品牌专业建设工程一期项目。
南京农业大学比较好的专业有：动物医学、金融学、农学、国际经济与贸易、机械设计制造及其自动化、农林经济管理、土地资源管理、植物保护等。
