李世民没有要杀秦琼，秦琼是病死的。
秦琼原本是瓦岗寨的名将，后来投降了大唐。但是李世民手下的名将对李世民忠心耿耿，李世民也对秦琼十分信任。只不过在建立大唐之后，秦琼由于多年的征战身体很差，再加上大唐的名将太多，有礼敬礼记等，所以秦琼后来就淡出了，并且在建立大唐不久就去世了。
秦琼是护国忠臣，是大元帅，一直受李世民的赏识，李世民从未想要杀秦琼，剧版隋唐英雄传，秦琼死时，李世民御驾亲征，被困越虎城，不能见秦琼最后一面，李世民仰天痛哭，下令杀出越虎城，秦琼之子秦怀玉带着哭丧棒赶来，救了李世民，徐茂公称秦琼的阴魂附在哭丧棒上，才打败了敌人，秦琼死也在守护大唐，后来李世民下令三军一起拿酒敬秦琼的阴魂。
