1、属类不同
高等专科学校：经国家教育部批准设立，进行专科教育的普通高等学校。
职业技术学院：中国高等院校的一级学院，属高职院校，类似高等专科学校。
2、分类不同
高等专科学校：根据教育部相关规定，师范、医学、公安类的专科层次全日制普通高等学校应规范校名后缀为“高等专科学校”，而非师范、非医学、非公安类的专科层次全日制普通高等学校则应逐步规范校名后缀为职业技术学院或“职业学院”。
职业技术学院：高等职业教育采取多种形式、多种机制、多种模式的原则办学。现阶段，举办高等职业教育的学校有：职业大学、职业技术学院、职业学院，高等专科学校，独立设置的成人高校、具有高等学历教育资格的民办高校等。
区别如下
区别一：“后缀”的区分，专科学校是指经国家教育部批准设立，进行专科教育的普通高等学校。而非师范、非医学、非公安类的专科层次全日制普通高等学校则应逐步规范校名后缀为"职业技术学院"或职业学院。
区别二：“类型”的区别，大体来说，高职院校有三种类型：第一类是本科院校的高职专业。这其中一部分是重点本科院校，也有一部分是市属高校。第二类是公办高职院校。这些院校招生数量大，高职办学时间长，在职业教育与就业上有一定优势。第三类是民办高职院校，国家承认学历，不过学费较高。
