沙皇俄国趁英法两国发动第二次鸦片战争（1856—1860年）期间，腐败的清政府被英法联军打败，并被火烧圆明园，签订了丧权辱国的天津条约、北京条约，赔偿英法两国战争赔款，无暇西顾，出兵中国东北，胁迫清政府签订《中俄勘分西北界约记》，侵战了中国西北大片领土（含碎叶城），从此碎叶城被沙俄侵占。
清朝中后期，由于国力衰退，清朝先后割让给沙俄很多领土。先是出让了外东北和库页岛，之后在1864年的《中俄勘分西北界约记》时，又把外西北（包括碎叶城）等地割让出去。
2014年6月22日由中哈吉三国联合申报的丝绸之路“长安-天山廊道路网”，被正式列入世界文化遗产名录。其中就包含了碎叶城遗址。
