玄武湖的名称来源有多种说法。一种说法是因为南朝刘宋年间，湖中出现黑龙，改名为“玄武湖”。
另一种说法是因为玄武是中国神话故事中的四神之一，代表北方，而玄武湖曾被称为“北湖”。
还有一种说法是因为“玄”为黑色，“武”是传说中龟蛇合成的一种灵物，湖中两次出现“黑龙”，可能是现在的扬子鳄，所以改名为“玄武湖”。总之，玄武湖的名称历经多次更改，最早的名称是桑泊。
玄武湖的人文历史可追溯至先秦时期。
从最早的“桑泊”，到后来的“后湖”“北湖”“元武湖”等，我们今日所见的玄武湖，其名几经更迭。其中，“玄武湖”一名的由来，“据史书记载，是因为湖中出现过‘黑龙’”。戎飞霞说，根据多方论证，推测“黑龙”应为生活在长江里的扬子鳄，这一点也可以证明玄武湖曾直通长江。
