在现在流传的版本中，秦可卿的死很明确，久病不治，一朝身故。缠绵病榻的时间也不短，从中秋过后开始生病，到冬天赏梅的时候病得起不了身，然后穿插了贾瑞谋凤姐一段，再然后又回到秦可卿身上来，为弟弟打架而病情加重，请太医，然后病死。
但事实上她的死是有疑点的，书中虽没有明说贾珍和秦可卿的私情，但也很明显了。
1、焦大直接指出爬灰，而宁国府里只有贾珍和秦氏是公公和儿媳妇的关系。焦大是一个年纪大不管事，他说爬灰养小叔未必是知道什么，可能是醉酒后胡言乱语。但是却恰恰说中了，言者无心，听者有意，也是焦大揭穿后，秦可卿便种下了心病。
2、秦可卿死后，贾珍反应异常剧烈。先是悲痛异常，如丧考妣；再是要倾尽所有为她办丧事，不顾贾政等人规劝，执意要用那副上等棺木；而后又怕丧礼不好看，给贾蓉捐了个官，贾蓉长到这么大，贾珍都没怎么管过他，为了秦氏丧事风光，要给贾蓉捐官。种种都透露着异常。
3、秦可卿的丫头撞柱而死，曹公用了四字“此事可罕”。丫鬟瑞珠可能是知道贾珍与秦可卿的私情，也可能是知道秦氏真正的死因，所以自尽。
《红楼梦》里面秦可卿判词上画着高楼大厦，有一美人悬梁自缢。其判云：情天情海幻情身，情既相逢必主淫。漫言不肖皆荣出，造衅开端实在宁。
这一首判词暗示着秦可卿的命运。出自《红楼梦》贾宝玉神游太虚境（第五回）。也对秦可卿经历有所暗示（情既相逢必主淫），但据传曹雪芹将相关情节删除（见脂砚斋批），将自缢情节改为病死。
