神农架交通以公路为主，二零九国道、白（白果树）红（红花朵）省道、酒（酒壶坪）九（九湖）区道彼此联系。境内公路全长1300多公里、贯穿全区南北东西。并与襄阳、十堰、宜昌、兴山、巴东等市县公路联成网络。从武汉去神农架可以在新华路长途汽车站乘长途车，也可以从武汉坐火车先到十堰，然后到汽车站去神农架。目前去神农架木鱼镇的最佳路径是坐火车先到宜昌，然后从宜昌坐汽车转到木鱼镇。去神农架松柏镇、红坪镇先坐火车到十堰市，再坐汽车走武神公路（旅游公路）最为方便。
航空方面，神农架机场已于2014年4月28日通航，首飞为东航的上海—武汉—神农架航线，2015年5月5日开通重庆—神农架—武汉航班。
